Lorsqu'en juin 1999 les élections législatives reconduisent la coalition CSV-LSAP et le tandem Juncker-Poos à la tête de l'exécutif, Marie-José Jacobs fait partie des deux seules femmes dans l'équipe ministérielle forte de 12 membres.
Elle est aussi la plus «novice» de l'équipe, puisque tous les autres ministres étaient déjà en place à la nomination du précédent gouvernement, en 1995. Elle n'a pour sa part intégré l'équipe qu'en décembre 1992, appelée par le Premier ministre CSV Jacques Santer pour succéder à René Steichen, alors nommé à la Commission européenne.
Mme Jacobs se voit confier le portefeuille de l'Agriculture, de la Viticulture et du Développement rural, ainsi que la fonction de ministre déléguée aux Affaires culturelles, ce qui lui permettra d'être pleinement impliquée dans l'organisation de l'année culturelle de 1995.
Infirmière-anesthésiste de formation (elle exercera cette profession jusqu'à son entrée au gouvernement), elle n'est pas pour autant une novice en politique: encartée au parti chrétien social dès 1967, alors qu'elle n'a que 17 ans, elle y gravit les échelons, d'abord dans le Nord d'où elle est issue, puis au plan national où elle accède à la fonction de vice-présidente en 1995 et y reste jusqu'en 2006.
Élue députée pour la première fois en 1984, elle est systématiquement réélue à chacun des scrutins suivants.
Pionnière de l'égalité des chances
Lorsque Jean-Claude Juncker prend les fonctions de Premier ministre, en janvier 1995, Marie-Josée Jacobs se voit confier de nouvelles responsabilités: ministre de la Famille, ministre aux Handicapés et aux Accidentés de la vie, mais surtout ministre de la Promotion féminine, une toute nouvelle fonction promise dans le programme de coalition.
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C'est donc elle qui initie les développements en matière d'«actions positives», même si le terme n'arrive que plus tard, après que le ministère ait été rebaptisé «ministère de l'Égalité des chances». Elle occupe cette fonction jusqu'en 2009, avant de céder le relais à Françoise-Hetto Gaasch. Toujours ministre de la Famille, elle hérite cete année-là du ministère de la Coopération et de l'Action humanitaire. Elle représente aussi le gouvernement luxembourgeois au Conseil des ministres de l'Union européenne dans la formation «Éducation, jeunesse et culture» pour la partie Jeunesse, ainsi que dans la formation «Affaires générales et relations extérieures» pour la partie Coopération au développement.
Présidente de Caritas
En avril 2013, en pleine législature, et profitant du mouvement de remaniement provoqué par le départ de François Biltgen, appelé à la Cour de justice de l'UE, Mme Jacobs annonce sa retraite, après 20 années de présence au sein du gouvernement. Ses mandats sont alors repris par Marc Spautz, qui sera un éphémère ministre, puisque le parti chrétien social basculera dans l'opposition quelques mois plus tard, à la suite des élections législatives anticipées d'octobre.
Retraite politique, certes, mais pas retraite tout court, puisqu'au moment où le nouveau gouvernement tricolore prend ses fonctions, en décembre 2013, Marie-José Jacobs, aujourd'hui âgée de 64 ans, prend la tête de la Fondation Caritas Luxembourg, succédant, à la présidence de l'ONG, à l'archevêque Jean-Claude Hollerich. «Mon désir est d'œuvrer aux côtés de gens dévoués pour d'autres personnes. Je partage les valeurs défendues par la Fondation Caritas Luxembourg et j'ai vraiment hâte d'endosser ce nouveau rôle», explique-t-elle alors.