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Lutte contre les variants

Le Luxembourg parmi les champions du séquençage du Covid



Le rythme du séquençage du virus du Covid-19 par le LNS peut être affecté par des difficultés d’approvisionnement en réactifs ou par un manque de personnel qualifié. (Photo: LNS)

Le rythme du séquençage du virus du Covid-19 par le LNS peut être affecté par des difficultés d’approvisionnement en réactifs ou par un manque de personnel qualifié. (Photo: LNS)

Alors que les variants du Covid circulent toujours davantage, l’UE est à la traîne en termes de séquençage du virus – un instrument pourtant indispensable contre ces nouvelles menaces. Mais le Luxembourg est parmi les meilleurs en Europe. Le LNS séquencerait ainsi autour de 10% des tests positifs.

Le Laboratoire national de santé (LNS) séquencerait autour de 10% des tests positifs au Covid-19. Ce qui ferait du Luxembourg un des pays européens les plus efficaces dans ce domaine, avec le Royaume-Uni et le Danemark. Et bien au-dessus de la plupart des autres pays européens.

Le séquençage dans l’Union européenne reste en effet à la traîne. «Il y a très peu de séquençage effectué au sein des États membres, donc on ne sait pas quelles sont les souches qui circulent. Au Royaume-Uni, ils font 10% de séquençage des tests positifs. Dans l’UE, c’est moins de 1%», déplorait ainsi le directeur de la Santé au sein de la Commission européenne, John Ryan, lors d’une interview accordée à Paperjam.

Pourtant, le séquençage des tests positifs est un outil indispensable à la lutte contre les nouveaux variants du Covid-19. Il permet de savoir à quel niveau ils sont présents, de vérifier si les vaccins sont bien efficaces contre eux et d’identifier d’éventuelles nouvelles menaces.

Taux variable

Le 17 février, la Commission européenne avait lancé un appel pour que les pays de l’UE intensifient leurs efforts en la matière et fixait un objectif de 5% de séquençage des tests positifs. Objectif dépassé donc pour le Luxembourg, qui atteint même les recommandations plus exigeantes de l’Organisation mondiale de la santé (OMS) et du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC), qui fixent quant à eux un seuil de 10% de séquençage des tests positifs.

Mais ce taux de séquençage peut cependant varier d’une semaine à l’autre dans le pays. De 19,5% la semaine du 8 au 14 février 2021, il est de 7,7% lors de la semaine du 15 au 22 février, indique le dernier rapport «Revilux» («Respiratory Viruses Surveillance») publié vendredi 5 mars par le LNS.

Difficultés d’approvisionnement

Des variations principalement dues aux difficultés d’approvisionnement en matériel de base pour réaliser le séquençage, notamment les réactifs, explique le LNS. Une conséquence de la demande très forte de ces produits au niveau mondial, de nombreux pays dans le monde accélérant en matière de séquençage, sur fond de lutte contre les variants – celui d’origine anglaise étant désormais présent dans 106 pays, et celui sud-africain dans 56.

Mais la disponibilité en personnel est aussi un problème, certaines professions devenant une denrée rare. C’est le cas de la profession de bio-informaticien, un métier récent et qui fait soudain face à une forte demande. Une seule personne aurait cette compétence dans le département de microbiologie du LNS – deux autres seraient détachées en soutien depuis d’autres départements.

Le variant sud-africain plus présent

Quels sont les derniers résultats obtenus par le LNS quant à la présence des variants? Selon le dernier rapport «Revilux», 97 tests PCR auraient été séquencés sur 1.249 tests positifs par le LNS lors de la semaine du 15 au 22 février.

Le variant dominant est, comme annoncé précédemment par le ministère de la Santé, le B.1.1.7 (plus connu sous le nom de «variant anglais»), présent à 52,7%. Un taux stable par rapport à celui de la semaine précédente (54,1%).

Le variant B.1.351 (le variant sud-africain), en seconde position, représente 22,7% des tests positifs séquencés. Une présence nettement plus importante que la semaine précédente, puisqu’il était alors présent à 10,7%. Le variant brésilien n’a, quant à lui, pas été détecté.

Jusqu’à 1.200 séquençages par semaine

Mais, avec un taux de séquençage à 7,7%, le LNS prévient: ce bilan, contrairement à celui de la semaine précédente, n’est pas représentatif de la circulation réelle des variants au Luxembourg. Il faut au moins, comme l’ECDC le recommande, un taux de séquençage de 10%.

À l’avenir, ce taux va augmenter, assure le LNS. Il devrait rapidement passer à 600 tests positifs séquencés par semaine. Puis à 800, d’ici deux à trois semaines, espère-t-on. Avant de chercher à atteindre les 1.200 séquençages hebdomadaires, objectif fixé par le ministère de la Santé. De quoi, si ce seuil est atteint, garantir des résultats fiables.